衣原体感染的治疗需针对致病体进行药物抗炎治疗,在生物技术的配合下,针对支原体等进行准确深入的药物灭杀,根除病原体。可用四环素、红霉素、复方磺胺甲基异唑、氨苄青霉素等全身治疗。对眼部感染可用利福平、四环素、红霉素眼药水滴眼。首选阿齐霉素250mg每日1次,连服7天,或用强力霉素100mg每日2次,连服7日。复方新诺明亦有效。
另外近年来新开发的对各领域的感染症广泛使用的新药喹诺酮类,在治疗衣原体方面临床效果较好,其中常用的药物有氧氟沙星(OFIX),环丙沙星(CPFX),洛美沙星,利福平治疗效果也较好。