小儿胃食管反流的临床表现轻重不一，主要与反流的强度，持续时间，有无并发症以及小儿的年龄有关，小儿胃食管反流通常有以下4种表现。
1、反流本身引起的症状：主要表现为呕吐，奶后呕吐为典型表现，约85％患儿生后第1周即出现呕吐，65％的小儿虽未经临床治疗可在半年至1年内自行缓解，实际上这部分患儿属生理性反流范畴，临床不需特殊治疗，仅少数患儿表现为反复呕吐，并逐渐加重，由此可导致营养不良和生长发育迟缓，年长患儿可有反酸，打嗝等表现。
2、反流物刺激食管所引起的症状：由于胃内容或十二指肠内容含有大量的攻击因子，引起食管黏膜的损害，年长小儿可表现为烧心，胸骨后痛，吞咽性胸痛等症状，食管病变重者可表现为反流性食管炎而出现呕血或吐咖啡样物，此类患儿多见贫血，反流性食管炎症状持续存在者可进一步导致食管狭窄，Barrett食管等并发症。
3、食管以外的刺激症状：近年来，注意最多的是胃食管反流与反复呼吸道感染之间的因果关系，约l/3的患儿因吸入反流物而反复出现呛咳，哮喘，支气管炎和吸入性肺炎等呼吸道感染症状，反流引起的哮喘无季节性，常有夜间发作，反复发生的吸入性肺炎可导致肺间质纤维化，在新生儿，反流可引起突然窒息甚至死亡，少数病例可表现为Sandifer综合征，发作时呈特殊的“公鸡头样”姿势，同时伴反酸，杵状指，低蛋白和贫血等，个别病例甚至可因口腔溃疡及牙病在口腔科就诊，而反流症状却不明显或被忽略，食管镜检查可能缺乏食管炎的表现，经抗反流治疗后，口腔溃疡可减轻或愈合。
临床上小儿胃食管反流的表现轻重程度不一，而且相当一部分胃食管反流属生理现象，不同年龄小儿的胃食管反流表现又不尽相同，因此客观准确地判定反流及其性质十分重要。