主要不良反应：食欲不振，恶心、呕吐等消化道症状；肝功能损害，造血系统抑制，对肾功能亦有影响。故主张血药浓度监测，维持在50～100？？g/ml的水平为佳。孕妇禁用。
氟胞嘧啶单独应用易产生耐药，多与两性霉素B等联合使用。
（4）氟康唑：为广谱三唑类新型抗真菌药，水溶性好，口服吸收完全，易通过血脑屏障，脑脊液浓度可达血浆浓度的90％。半减期36h，对新型隐球菌的最低抑菌浓度为3.12～6.25g/m1。一般初用静脉滴注，病情稳定和脑脊液中新型隐球菌阴转后改为口服。本药副作用较轻，发生率约10％，有消化道反应如恶心、呕吐等，其次为皮疹和头痛、头晕、失眠等。
单用氟康唑治疗隐球菌脑膜炎的疗效并不理想，且国外近年陆续有耐药菌株的出现，故本药常用于对两性霉素B和氟胞嘧啶有禁忌、不能耐受或治疗失败者。亦作为长期维持、巩固疗效的用药。氟康唑可与两性霉素B或氟胞嘧啶联合用药，但对其疗效目前尚未达成共识，有待于积累更多的资料。
（5）伊曲康唑：广谱三唑类抗真菌药，口服吸收不佳，不易通过血脑屏障，但在脑组织中的浓度较高。对隐球菌的最低抑菌浓度为0.01～12.5？？g/ml。不及氟康唑应用广泛。
2、对症治疗
（1）降低颅内压：常用20％甘露醇，亦可用人体白蛋白、50％葡萄糖加速尿，静脉用药。与甘露醇交替应用，可加强降压效果。对顽固性颅内高压内科治疗无效者，可用脑室引流方法来减压。
（2）纠正电解质紊乱：中枢神经隐球菌病患者，由于应用两性霉素B对肾功能的损害，且大量使用脱水利尿药物，易造成低血钾症，亦可出现低钠和低氯血症，均应及时补充。
3、支持疗法
（1）营养支持：中枢神经系统隐球菌病患者体质不佳，很难耐受时间长、毒副作用明显的抗真菌疗法，是导致不能完成疗程的重要原因。因此，应尽力保证病人的营养需要。对清醒患者鼓励其进食高热量、高蛋白、高维生素食物。不能进食者，经鼻饲或静脉途径提供，辅以白蛋白等血制品，以维持体力。
（2）免疫促进剂治疗：细胞免疫功能障碍常是新型隐球菌致病的基础。可选用如脑腺肽（素）、γ-干扰素等细胞免疫促进剂来辅助治疗。
4、手术治疗：对局限性的皮肤、肺、骨隐球菌病及脑隐球菌肉芽肿等，在抗真菌药物治疗的同时，可采用手术切除的方法来清除病灶，达到根治。
二、预后
无明显免疫缺陷的肺隐球菌病者，无需抗真菌治疗常能自愈。隐球菌脑病在完成抗真菌治疗后，亦有30％左右不能痊愈。艾滋病患者并发的新型隐球菌性脑膜炎，少有治愈者，通常需终生用药。