5、脏器栓塞多为亚急感染性心内膜炎赘生物脱落随血流栓塞动脉所致，临床上以脑、肾、脾等栓塞最为常见，也最为重要，它是导致亚急感染性心内膜炎致死、致残的重要原因。近年来右心感染性心内膜炎有增多趋势，故肺栓塞已引起临床日益关注。一旦发生栓塞，可产生相应脏器供血不足和梗死的临床表现。必须指出，小的栓塞可无症状，临床上很难诊断，有时只能从尸检中发现。此外，脏器栓塞不一定均发生在亚急性感染性心内膜炎活动期，在静止期也可能发生，中山大学第一医院曾遇到1例亚急性感染性心内膜炎已治愈3年，因遗留在主动脉瓣上的赘生物突然脱落导致脑栓塞的病人。因此，亚急性感染性心内膜炎即使治愈，只要心内膜遗留有赘生物，仍有可能引起脏器栓塞之虞。基于绝大多数巨大的心内膜赘生物对抗生素治疗效果差，赘生物深部细菌亦难以杀灭，有人试图通过应用抗凝剂来减小赘生物的体积，以提高抗生素疗效和减少脏器的栓塞，尽管近年来新型抗凝剂不断问世，但抗凝疗法的价值尚待进一步研究。对于已发生栓塞的患者是否应用抗凝剂也无定论。有迹象表明，对于RHIE所致肺栓塞，抗凝剂似有一定疗效，但在应用过程中应密切观察病情，注意出血倾向。对于脾栓塞有人主张脾切除，而四肢动脉栓塞目前已能用手术摘除栓子。
6、神经精神方面的并发症对于一般性神经精神症状，如头痛、烦躁、眩晕等中毒症状，可对症治疗。脑栓塞所致神经精神症状，其治疗方法基本与其他原因所致脑栓塞相同。