原发性食管恶性淋巴瘤治疗原则是手术切除肿瘤，并在手术后辅以放疗及化疗。如果术前诊断不太明确，只要病人无手术禁忌证，应争取手术治疗，切除病变并明确诊断。本病好发于食管下段并经常累及近端胃，而且有向食管黏膜下广泛浸润的倾向(往往是沿食管纵轴上、下浸润)，因此手术切除范围应视术中所见适当扩大，以避免食管切缘有肿瘤组织残留而影响手术疗效，同时要清扫引流区淋巴结。
由于食管原发性恶性淋巴瘤的发病率非常低，文献中报道的例数很少，不同的作者采用的治疗方法不尽一致。有的作者采用单纯化疗，有的作者采用单纯食管切除术或局部病变切除术，有的予以单纯放疗或放、化疗综合治疗，有的进行食管切除术并辅以放疗及化疗。Korst报道的17例病人除1例外，其余病人在接受全身化疗加局部治疗(手术切除肿瘤或放疗)或者不加局部治疗后都获得长期生存。Korst认为根据这组病人的治疗效果而言，食管原发性非霍奇金淋巴瘤(NHL)的治疗应该首先选择化疗或放疗。
最近有的作者报道的资料显示对某些组织类型的食管原发性非霍奇金淋巴瘤(NHL)通过单纯化疗可获得成功，其疗效与化疗结合放疗的病例相同。全身一般状况差并且年龄大的病例，可用环磷酰胺(cyclophosphamide)进行单一化疗，该治疗方案也适用于低度恶性(工作分类)的食管原发性淋巴瘤。有的作者主张食管原发性恶性淋巴瘤导致食管梗阻、病人有吞咽困难症状者，应进行外科手术治疗。术后病理检查证实有局部淋巴结转移者，宜辅以放疗，放疗组织量一般为40Gy。
与非霍奇金淋巴瘤(NHL)一样，食管原发性霍奇金淋巴瘤(HD)也表现为食管黏膜下肿瘤，如果内镜活检诊断明确，全身其他部位无转移瘤，也应该首选外科手术切除肿瘤食管，疗效满意，病人可获得长期生存。有的作者则主张放疗，理由是通过放疗，病人同样可以达到长期生存的目的。