清除牙石是治疗牙周病的重要方法之一，称为龈上洁治术，俗称“洗牙”。通过洁治、刮治、根面平整等措施以清除龈上、龈下的菌斑，牙石及坏死牙骨质。必要时进行松动牙暂时性固定、调合、药物辅助治疗。
同时，由于牙周炎的形成中有菌斑的存在，并会引起牙床的损害性反应，因此用药主要针对病因对症治疗。由于口腔解剖的特殊性，可以经局部和全身给药。
1、局部用药：含漱液给药方便，可广泛应用，尽管含漱液的种类和成份不断发展，但是其对菌斑的抑制作用一直存在争论。除碘伏、氯己定、甲硝唑等传统含漱剂外，目前多为复方型含漱剂，如口灵、爱诺天健等。虽然疗效并不很确切，但其给药全面，副作用少，可作为其他疗法的辅助措施。
2、全身用药：目前治疗慢性牙周炎的药物主要是四环素类和硝基咪唑类抗生素。
四环素类抗生素是由放线菌产生的一类广谱抗生素，包括金霉素、土霉素、四环素及第二代半合成类二甲胺基四环素（米诺环素）、多西环素等等。临床上常用的有四环素、多西环素、米诺环素。最近研究发现，四环素类药物还有抑制胶原酶活性的作用。慢性牙周炎患者牙菌斑中牙龈卟啉单胞菌等含有胶原酶基因，其表达产物胶原酶可引起牙周组织破坏、降解骨胶原，而且可降解其他胶原，研究发现胶原酶水平与牙周病变程度密切相关。因此，四环素类抗生素治疗牙周炎具有双重作用。
硝基咪唑类：主要包括甲硝唑、替硝唑和奥硝唑，对大多数厌氧菌具有强大抗菌作用。从患者的依从性来看，目前较提倡使用甲硝唑。可以根据具体的病例选择合适的药物及剂型。