一、发病原因
本病病因迄今未完全阐明，大多认为与循环障碍、神经递质传递障碍、氨中毒、胺代谢障碍(5-HT增加可诱发昏迷)以及电解质代谢障碍相关。首先，由于多种肝脏疾病晚期肝功能衰竭，解毒作用降低，使胃肠道内摄入或产生的毒性物质得不到肝脏的有效解毒，造成肝脏生成的维持脑功能的必需物质减少；同时，肝功能损害导致血氨增高、低氧，电解质代谢紊乱如缺钾、低镁，胺代谢障碍如一些拟神经递质(羟苯乙醇胺、去甲新福林等)不能及时被清除，与NE和DA产生竞争作用，影响神经冲动传递等；其次，消化道出血、感染、发热、饮酒和麻醉镇静剂的应用，这些因素均对精神障碍的发生有重要作用。
二、发病机制
引起神经精神症状的确切机制迄今尚来完全明了，目前认为可能与下列因素有关。
1、循环障碍说
肝功能衰竭和门腔静脉之间手术分流或自然形成的侧支循环可能是其病理生理学基础。肝内及肝外门静脉之间的分流，使门静脉中的有毒物质绕过肝细胞，经侧支进入体循环而至脑部，引起脑功能紊乱。
2、神经递质说
肝功能不全或门-体侧支循环的存在，使来自肠道的某些芳香胺类物质，如羟苯乙醇胺或去甲新福林等不能被排除，这些物质与去甲肾上腺素和多巴胺相似，产生竞争性作用，使神经突触传递发生障碍，影响脑干网状结构上行激活系统的活动，以致引起昏迷。
3、氨中毒学说
认为肝性脑病是由血氨浓度增高引起。有人指出肝性脑病时脑脊液中的氨浓度比血液中的更高，氨可引起酸中毒，缺氧可使氨的毒素增加。有人观察肝性脑病时脑电图异常与氨的水平是同向的。但肝性脑病的发病机制仅用氨浓度增高来解释显然是不够的，因为肝性脑病血氨增高者只占80％。
4、胺代谢障碍
胺代谢障碍与意识障碍有关，5-HT增加可诱发昏迷，5-HT减少也可引起脑代谢障碍，肝性脑病时注射5-HT后，脑电图由慢波转为快波，5-HT减少时出现慢波。
5、电解质代谢障碍
肝性脑病前由于各种原因引起的血钾降低，可使病人迅速陷入昏迷。低镁也可出现精神障碍。其他也有人提出如氨基酸和硫醇代谢障碍对肝性脑病的影响。
6、肝性脑病的诱发因素
有消化道出血、感染、发热、麻醉药、抗精神病药的应用、流产、饮酒等。