（2）病原体直接侵入上皮细胞：并在上皮细胞繁殖，破坏，进而进入固有层继续繁殖，并引起肠的炎症反应，导致肠黏膜弥漫性水肿，充血，肠腔内含黏液血性渗出物，黏膜坏死，形成浅表溃疡。临床表现腹痛，腹泻，里急后重，黏液脓血便为特征。以细菌性痢疾为代表。属于这类腹泻的还有：沙门菌肠炎，弯曲杆菌肠炎，耶菌肠炎，侵袭性大肠埃希杆菌肠炎（EIEC），出血性大肠埃希杆菌（EHEC）肠炎及阿米巴痢疾等。
（3）破坏肠黏膜绒毛上皮细胞：病原体以破坏肠黏膜绒毛上皮细胞为主要机制的腹泻。这类病原体主要侵犯小肠绒毛上皮细胞，使肠上皮细胞变形，不规则，形成绒毛空胞，上皮细胞脱落，新生之肠上皮细胞功能不健全，消化吸收功能障碍，出现吸收不良现象。这类腹泻的特点为：①禁食可减轻腹泻。②肠腔内渗透压高于血浆渗透压。③粪内未吸收的电解质和其他物质形成其渗透压。大便内可含有较多脂肪成分。这类腹泻也以水样便为主。属于这类腹泻的疾病有：轮状病毒、肠腺病毒，诺瓦克病毒等所致的腹泻。此外致病性大肠埃希杆菌（EPEC）肠炎，隐孢子虫肠炎等也属于这一类。
感染性腹泻，病原复杂，临床表现各异，因此发病机制也不是单一的，不少疾病同时通过几种机制而引起腹泻。
2、非感染性腹泻的发病机制