一、发病原因
1、宿主因素
（1）年龄：迁延性腹泻多发生在1岁以内，难治性腹泻多发生在3个月以内。
（2）营养不良，容易使腹泻迁延，持久腹泻又促进营养不良，互为因果，恶性循环。（3）免疫功能低下，首都儿科研究所腹泻研究组，观测29例迁延与慢性腹泻患儿免疫功能。发现粪便SIgA显著低于正常；CD4降低，CD8增高，CD4/CD8比值降低。说明体液与细胞免疫功能均降低。印度的研究表明，小儿由母乳改用动物乳喂养，1个月内迁延性腹泻发病率增加2～3倍，这可能由于减少了母乳内的保护因子及动物乳易受污染有关。
2、肠道微生物的作用
弧菌和病毒（包括轮状病毒）不引起迁延性腹泻，除此之外，国外报道多种引起急性腹泻的病原均可在迁延性腹泻粪便中检出。它们可分2组：
（1）急性与迁延性腹泻分离率相等的病原菌：如痢疾杆菌，沙门菌，产毒素大肠杆菌，空肠弯曲菌，耶氏菌，难辨梭状芽孢杆菌等。采用相应抗生素治疗之后，迁延性腹泻比较难以消除，可能与宿主免疫功能低下有关。
（2）迁延性腹泻分离率较高的病菌：它们有吸附型大肠埃希杆菌（EAEC），致病性大肠埃希杆菌（EPEC）和隐孢子虫。这些被认为是迁延性腹泻的重要病原。据观察中国小儿迁延性腹泻，病原分离率低，主要是肠道消化功能没有恢复而致腹泻迁延不愈，因此在没有获得病原前，最好不要盲目应用抗生素。
3、肠黏膜继续损害
浙江医大附属儿童医院采用空肠黏膜活检，15例做了扫描电镜，11例作了透视电镜。均有超微结构异常，表现为绒毛萎缩，严重者表面坏死，小肠上皮细胞损害，胞浆溢出，细胞脱落。17例出现吸收上皮细胞表面微绒毛损害及糖萼丢失，表明肠细胞吸收面积减少，引起黏膜损伤及吸收障碍因素有微生物侵犯，双糖吸收障碍（尤其是乳糖）和蛋白过敏。由于肠黏膜损伤，屏障功能不全，吸收相当量的带有抗原性的完整蛋白质，触发免疫机制，损伤黏膜。胆汁中含有胆酸，其作用是使食物中的脂肪微粒化，易被吸收。当肠内细菌过度繁殖，胆酸被分解，从而影响脂肪吸收引起脂肪泻，另外肠内细菌可将胆酸转变为二羟胆酸（dihydroxybileacid），也可将食物中未被吸收的脂肪转变为羟脂肪酸（hydroxyfaltyacid），这两种代谢产物一旦进入结肠，促使结肠分泌亢进引起腹泻。