囊肿或瘘管内为复层鳞状上皮，偶见其他上皮成分，上皮层外为结缔组织包膜，术中容易分离，囊腔内含有脱落上皮，粘液及脓液，常有胆固醇结晶。
一、分类
根据鳃裂瘘管的胚胎发育来源不同，可分为以下四种类型：
1、第一鳃裂瘘管
临床上较少见，其外瘘口多位于下颌角的后下方，靠近胸锁乳突肌上端的前缘，舌骨以上平面的颈侧皮肤上，内瘘口位于外耳道的软骨部或耳廓的前方或后方，鼓室及咽鼓管，瘘管在咽鼓管的下面，腭帆张肌的后面，颈动脉或茎突咽肌的前面走行，有的靠近面神经干走行。
2、第二鳃裂瘘管
临床上较常见，外瘘口多位于胸锁乳突肌前缘的中，下1/3交界处，瘘管自外瘘口穿通颈阔肌，沿颈动脉鞘上行，穿过颈内，颈外动脉之间，经舌咽神经，茎突咽肌和舌下神经的浅面，到达扁桃体窝上部，内瘘口位于此处。
3、第三鳃裂瘘管
较少见，外瘘口位于胸锁乳突肌前缘的下部，与第二鳃裂瘘管的外瘘口位置相似，瘘管穿过颈阔肌的深部，穿过颈内动脉的后面，沿迷走神经的浅面上行，跨过舌下神经，止于梨状窝的内瘘口。
4、第四鳃裂瘘管
少见，外瘘口与第二鳃裂瘘管相似，瘘管穿过颈阔肌深部，沿颈动脉鞘下降到胸部，再自锁骨下动脉或主动脉弓下方上升到颈部，止于食管上端的内瘘口。
二、临床表现
1、第一鳃裂瘘管主要表现为耳内流脓，下颌角后下方有包块，压之耳内分泌物增多，继发感染可出现疼痛，发热等症状。
2、第二、三、四鳃裂瘘管在胸锁乳突肌前缘有瘘口，有时瘘口很细，细如针尖或小凹陷，该处常有少许分泌物，病人常觉口内有臭味。