室间隔缺损修补的术后处理常规与一般体外循环术后处理相同。一般病例较为简单，可顺利康复。但是合并严重肺高压患者的术后处理仍是术后ICU面临的一项挑战。其并发症如下：
(一)感染性心内膜炎
在1岁以下婴儿很少见。Corone等的一组患者中，以15~29岁的发生率最高。一般说来，生存时间愈长，并发感染性心内膜炎的机会愈大。
(二)主动脉瓣关闭不全
室间隔缺损位于右心室流出道和室上嵴下方者，容易伴有主动脉瓣关闭不全。Nodas报告发生率为4.6％，Tatsuno报告为8.2％。造成关闭不全的原因有二：①缺损位于主动脉瓣环的紧下方，瓣环缺乏足够的支持。高速的分流自左向右喷射时，把主动脉瓣叶拉向下方，先使其延长，再产生脱垂，形成关闭不全。如不及时修补缺损，关闭不全将逐渐加重。②有些缺损边缘变厚，机化收缩，甚至形成纤维带，牵拉主动脉瓣，产生关闭不全。
(三)室间隔残余漏
多发生于室间隔缺损修补时遗漏、术中显露不良而漏缝，以及组织撕裂等。
(四)Ⅲ度房室传导阻滞
因为心脏传导系统(希氏束)行至三尖瓣隔瓣和前瓣交界附近进入室间隔，所以膜周室间隔缺损修补术后，容易出现房室传导阻滞。
(五)心肺功能不全
室间隔缺损并发肺动脉高压的病人，由于手术创伤，术中心肌保护差或有残余漏、传导阻滞、主动脉瓣关闭不全等情况，术后引起心肺功能不全，表现为低心排、右心衰、肺淤血等征象，严重影响病人的恢复。