十二指肠良性肿瘤病因不明。较为常见的十二指肠良性肿瘤病理类型有以下几种：
一、腺瘤 多数腺瘤呈乳头状或息肉状，突出于黏膜表面，可为单发或多发，是十二指肠良性肿瘤最常见者。根据其病理特征又可分为：
1、管状腺瘤：此种腺瘤多为单个，呈息肉状生长，大多有蒂，易出血，基底宽者一般体积较大。组织学上主要是由增生的肠黏膜腺体组成，上皮细胞可有轻度异形性，属真性肿瘤。
2、乳头状腺瘤和绒毛状腺瘤：由于此类瘤易于癌变，据报道21％～47％的十二指肠癌来自十二指肠绒毛状腺瘤的恶变，故此种腺瘤越来越受到临床上的重视和警惕。这种腺瘤常为单发，表面呈乳头状或绒毛状隆起，基底部宽，无蒂或短蒂。组织学上见此种腺瘤表面由一层或多层柱状上皮覆盖，间质富含血管，故临床上极易出血。柱状上皮细胞内含有大量黏液细胞，可有不同程度异形性，故其恶变率大于腺瘤样息肉，不同的文献报道其恶变率在28％～50％。
3、Brunner瘤：又称息肉样错构瘤或结节样增生。肿瘤多位于黏膜下，呈息肉样突起，直径可由数毫米至数厘米，无明显包膜。镜下可见黏膜肌层下，十二指肠腺增生，由纤维平滑肌分隔成大小不等的小叶结构，本腺瘤除可偶见有细胞的典型增生外，很少恶变。
4、非瘤性息肉：如增生性息肉和炎性息肉，均属非瘤性息肉，一般可自行消失。
5、胃肠道息肉综合征：如Gardner综合征、Peutz-Jeghers综合征、家族性腺瘤性息肉病(FAP)等，此类病变均为多发性，可分布于全消化道，十二指肠的病变可发生恶变。
二、平滑肌瘤 十二指肠平滑肌瘤起源于胚胎间叶组织，发病原因不明。平滑肌肿瘤由一组平滑肌组成，分界明显，常为单发，呈圆形或椭圆形，有时呈分叶状，直径小的不到1cm，大者可超过10cm达20cm左右。肿瘤生长方式有多种，可突入肠腔，也可在肠壁或向肠腔外生长。一般质地较韧，有时可发生变性。平滑肌瘤表面黏膜有丰富的血管，故可因糜烂、溃疡而发生消化道大出血。若良性平滑肌瘤的肿瘤细胞发生细胞核有丝分裂异常活跃时，则表明有恶变，其恶变率为15％～20％。据北京协和医院统计，十二指肠平滑肌瘤常见的发生部位以十二指肠降部和水平部居多，中年人发病为多见，平均年龄为56.6岁。