虽然近20年来很多学者致力于妊娠期肝内胆汁淤积症的发病机制研究，但是，目前其确切的发病机制尚未十分明确。根据大量的流计病学调查和临床观察及实验事工作研究，可以认为其发病与雌激素和遗传等密切关系。流行病学证据在临床上根据流行病学的观点有很多表现提示雌激素水平过高可能是诱发妊娠期肝内胆汁淤积症的原因。妊娠期肝内胆汁淤积症多发生于妊娠的晚期，正值雌激素分泌的高峰期;它在双胎中发生率较单胎中明显增高，约5～6倍;应用含雌激素及孕激素的避孕药物妇女中发生胆汁淤积的表现与妊娠期肝内胆汁淤积症的症状十分相似;应用避孕药的妇女妊娠时发生妊娠期肝内胆汁淤积症再次妊娠时复发率较一般的更高。
1.雌激素与妊娠期肝内胆汁淤积症的关系
(1)临床依据：在临床上有很多表现提示雌激素水平过高可能是诱发妊娠期肝内胆汁淤积症的病因，现列举如下：①妊娠期肝内胆汁淤积症多发生在妊娠晚期，正值雌激素分泌的高峰期;②妊娠期肝内胆汁淤积症在双胎中发生率较单胎明显增高，上海第六人民医院报告双胎的妊娠期肝内胆汁淤积症发生率较单胎高6倍，可能与双胎的胎盘的体积明显大于单胎，所分泌的雌激素较单胎多有关;③应用含雌激素及孕激素的避孕药的妇女中发生胆汁淤积症的表现与妊娠期肝内胆汁淤积症的症状十分相似;④应用避孕药的妇女妊娠时发生妊娠期肝内胆汁淤积症者，再次妊娠时复发率较一般为高。
(2)实验室研究：很多学者用动物研究雌激素对胆汁分泌的影响，关于雌激素导致胆汁淤积可能通过以下途径：①胆汁的渗透性增加;②肝窦间隙区钠，钾-三磷酸苷酶(Na -K -ATPase)活性下降使胆盐转运受到阻碍;③窦状隙区域细胞膜的流动性下降，使胆盐的通过发生障碍;④雌激素代谢产物：D环葡萄糖醛酸雌激素与胆酸的结构相似而成为胆酸载体的竞争性抑制物，妊娠期产生大量雌激素导致妊娠期某些妇女的胆汁淤积;⑤肝的雌激素受体以及蛋白合成：人们推测雌激素可以使有机阴离子及胆酸载体合成减少，还影响细胞内结合蛋白的有机阴离子的易位，分泌小泡至胆小管区域的运行等。