迄今为止，原发帕金森病的病因仍不完全清楚，一般认为主要与年龄老化、遗传和环境等综合因素有关。病理改变主要是纹状体中DA(多巴胺)含量明显降低，引起DA系统与胆碱能系统平衡失调，胆碱能系统活动占相对优势，产生主要以黑质、苍白球、尾状核与壳核及蓝斑为主的脑损害。
1.遗传因素部分病例(10％～15％)为常染色体显性遗传模式。但尽管基因研究已有所发现，学术界仍存在较多争议，可能与多基因遗传有关，目前尚难定论，有待进一步研究。
2.自由基损伤和氧化磷酸化缺失目前实验证明帕金森病人组自由基较对照组明显升高，且线粒体复合体1氧化磷酸化缺陷，这些均与造成线粒体DNA以及其他大分子的损伤有关。
3.环境的危险因素临床和实验研究证明一种叫1-甲基-4-苯基-1，2，3，6四氢吡啶(简称MPTP)的物质中毒与帕金森病发病有关，目前已用NPTP制作帕金森病模型进行实验研究。
总之，关于帕金森病发病机制的研究，虽然目前以黑质多巴胺神经元中65％～70％的变性、减少、脱失，造成纹状体的多巴胺递质减少，使纹状体的多巴胺和乙酰胆碱(ACh)平衡失调而发病为主，但亦有研究证实脑内其他神经递质如去甲肾上腺素(NE)5-羟色胺(5-HT)，γ-氨基丁酸(GABA)等也参与了发病过程。