1、治疗的第一线联合用药为甲氧苄啶（trimethoprim，TMP）-磺胺甲基异恶唑（sulfamethoxazole，SMZ），体外试验分离的诺卡菌对TMP-SMZ有高度敏感性。但是因诺卡菌体外敏感试验的技术尚未标准化，体外试验常不能预言体内的疗效。
2、如果上述药物无效或产生药物反应，可选择证明临床和体外试验两方面都有效的抗生素有：阿米卡星（amikacin）、米诺环素（minocycline）、亚胺培南（imipenem）、头孢曲松（ceftriaxone）、头孢呋辛（cefuroxime）及头孢噻肟（cefotaxime），它们在体外对很多诺卡菌都显示有活性。尽管体外的某些研究证明抗生素的联合可以产生对诺卡菌的协同活性，但没有很好的临床资料可以证明联合用药比单一用药治疗更优越。
3、因诺卡菌性巩膜炎经常复发，故疗程应当延长。在病人的防御功能完善时，临床恢复以后，治疗应当持续6周之久。对有免疫损害的患者，治疗应当持续1年或1年以上。
4、根据病情选用NSAID，用于缓解炎症和疼痛。禁用糖皮质激素。若药物治疗不能控制病变发展可行手术治疗。手术治疗包括治疗性巩膜或角巩膜切除活检以及适当抗生素治疗后的巩膜移植和（或）板层或穿透性角膜移植。