1、药物治疗曾采用甲苯达唑（甲苯咪唑）、吡喹酮、阿苯达唑（丙硫咪唑）等化学药物治疗的实验研究，已取得杀灭原头节及损坏包虫囊生发层的作用，但尚未能达到治愈的目的，故可作为手术前后预防移植复发的用途，及无法手术根治的弥漫性多发包虫病的控制治疗。
2、手术摘除是目前惟一有效的治疗方法。早期发现早期手术，在脏器尚未萎缩时可施半肾切除，或完整内囊摘除，而避免全肾切除，以保留有功能的脏器组织。手术原则是摘除包虫，防止囊液外溢污染腹腔，缩小外囊空腔，预防术后感染。手术方法有三：
（1）全囊切除：包虫的外囊是脏器组织增生形成的纤维组织，虽与脏器无分界线，但仍可沿外囊壁剥离剔除或连同罹病脏器组织一并切除。对病史甚久的巨大包虫，长期压迫脏器组织萎缩，失去功能，宜施肾或睾丸包虫完全切除。
（2）包虫完整摘除：在突出于脏器表面的外囊壁上，缓慢轻巧的切割，逐渐达到外囊壁的最内层，借助包虫自身的张力，将剩余的一薄层外囊壁胀裂，此时包虫即由裂口处自行膨出，须以指堵压裂口，阻止包虫突出以防爆裂。由于包虫囊壁极为脆弱，忌用锐器触动，迅速剪开外囊切口达包虫直径1/3，并做十字形剪开扩大切口，提起敞开的外囊，注水及手指分离内外囊间的纤维粘连，包虫即可由外囊内缓缓脱出。
（3）包虫穿刺摘除：按“无瘤手术”操作原则，先用纱布巾保护病灶，使之与周围腹腔脏器隔开，以三通针穿刺吸出囊液，注入20％盐水使原头节脱水而毁损，提起并剪开外囊，摘除已塌瘪的包虫及子囊。
无论完整摘除或穿刺摘除包虫后，在肾脏内均遗留包虫占位的空腔，对此空腔处理方法是清洗空腔囊壁，内翻缝合缩小闭锁空腔，对较大的空腔，可剪去部分外囊壁，缝合闭锁置管闭式引流。