树胶肿也能累及深部脏器系统，最常见的是呼吸道，消化道和骨，早几百年，鼻，腭树胶肿常致中隔穿孔而使面部形象损坏不堪，树胶肿也能累及喉和肺实质，胃树胶肿可类似胃癌及淋巴瘤，肝树胶肿曾是最常见的内脏梅毒，常以肝脾肿大和贫血出现，偶有发热和黄疸，骨树胶肿主要发生在长骨，颅骨和锁骨，特别是夜间疼痛，如有放射线征，常为骨膜炎以及溶骨性或硬化性破坏性骨炎。
2、心血管梅毒：梅毒的主要心血管合并症是主动脉瓣关闭不全和主动脉瘤（常在升主动脉），有时亦可累及其他大动脉，冠状动脉口偶亦受累而致供血不足，所有这些合并症都是自养血管（vasorum）的闭塞性动脉内膜炎所致，使大血管的内膜和中膜受到损害，由于导致升主动脉扩张，终使瓣环拉大，关闭不全，但瓣叶仍是正常的，患者最终可能死于充血性心力衰竭，有些梅毒性主动脉瓣关闭不全病例，置入人造心瓣膜后收到一定效果，动脉瘤有时可以搏动性肿块膨出于前胸壁，梅毒性主动脉炎亦可累及降主动脉，但几皆在肾动脉近端，故与动脉硬化性动脉瘤时不同，后者常在肾动脉下方。
通常是在初发感染后5～10年内发生，也有须待20～30年才有明显临床证候出现，据信心血管梅毒男多于女，黑人可能比白人要多，但先天性感染后不会发生心血管梅毒，此中原委现亦不详。
无症状主动脉炎，最好是从胸片上看到升主动脉壁钙化而做出诊断，梅毒性主动脉瓣关闭不全的体征，与其他病因性主动脉瓣关闭不全时相同，主动脉瓣环扩张所致关闭不全时的渐弱型杂音，常以胸骨右缘处最为响亮，梅毒性主动脉瘤可为梭形，但以囊状居多，不易发生主动脉壁剖离（夹层形成），10％～25％心血管梅毒病人伴有神经梅毒。
现在梅毒作为主动脉瓣关闭不全病因，老年比年轻病人相对为多，这是因为晚期心血管梅毒的发生在不断减少。
3、神经梅毒：神经梅毒（neurosyphilis）可分为4类：无症状性，脑膜血管性，脊髓痨，麻痹痴呆，分类不是绝对的，相互间重合亦甚常见，现在神经梅毒中，作为经典综合征的变异型病例，比过去更多，可能是抗菌药用于其他疾病的影响。