过去推荐苄星青霉素治疗神经梅毒，但就此进行的研究还相对为少。有人报告以常规苄星青霉素治疗失败的神经梅毒，改以静脉注射法治疗，取得较高青霉素血清水平，终能收效。苄星青霉素治疗时，CSF和眼房水中未能达到可检测水平。同时伴有HIV感染的病例中，也有个别治疗失利的报告。因此有充分理由以青霉素G静脉注射的方法治疗这类病人（每天2000万U，至少10天）。治疗神经梅毒开始用药后，有时CSF细胞数增多7～10天，原来检查正常的CSF可能暂时出现异常。
有限资料提示：苄星青霉素总量720万U（每次240万U每周1次共3周）治疗隐性梅毒，即使已有无症状神经梅毒，亦可治愈。但是考虑到苄星青霉素对某些CSF梅毒可能无效，因此一切隐性梅毒病人最好都作CSF检查，以排除无症状性神经梅毒。这点HIV阳性病人尤为重要。也可以这样安排，即在2年追访期满时，再作腰穿，如CSF正常，即可告慰病人：以后不致发生神经梅毒。
但对心血管梅毒，没有证据表明抗菌药物治疗有何临床效益。虽然如此，对心血管梅毒仍应建议治疗，以防病情继续发展，而且还有约15％心血管梅毒病人伴有神经梅毒。
也没有证据表明其他抗菌药物对较后期梅毒治疗有效。因此如病人对青霉素过敏，治疗前应先作CSF检查。四环素或多西环素治疗4周，可能有效。
3、妊娠期梅毒的治疗：妊妇都要作VDRL或RPR试验，如梅毒可能性很大，分娩前应再作第二试验。考虑到胎儿的风险，VDRL阳性妊妇应尽量进行检查和治疗。如确诊性FTA-ABS试验阳性，而病人又未作过青霉素治疗，应按上述早期或晚期梅毒治疗方案，给予适量青霉素治疗。青霉素过敏病人不可以四环素或红霉素治疗，因为四环素有毒性反应，而红霉素则无效验。可以考虑为青霉素脱敏，但亦不无风险。如VDRL阳性但FTA-ABS阴性，而患者无梅毒临床证候，可暂缓治疗；但应于4周后，再作定量VDRL及另一FTA-ABS试验以事复查。如VDPL效价增长4倍以上，或有梅毒病征发生，即应治疗。如复查结果诊断仍有可疑，亦应治疗以防对新生儿可能构成病变。治疗后，每月应作定量VDRL追访，如效价增长4倍以上，应再次治疗。