由于联合瓣膜病变多由风湿性心脏病(RHD)引起，故其并发症多与风湿性心脏病有关。
1、心房纤颤(Af)
Af是最常见的心律失常，发生率50％以上，为相对早期的并发症，有时为首发病症，也可为首次呼吸困难发作的诱因或体力活动受限的开始。开始房早→房速→房扑→阵发房颤(PAf)→慢性持续Af→永久性Af。
2、急性肺水肿
此为严重并发症，特别是在早期，右心功能还好时，常于剧烈体力活动、情绪激动、感染、妊娠分娩、并发AF或其它快速心律失常，而诱发急性肺水肿。表现为：呼吸困难；紫绀；不能平卧、端坐呼吸；咳粉红色泡沫样痰；双肺布满干湿性罗音，如不及时救治，可能致死。
3、血栓栓塞
巨大左房(>5.5cm)；AF：CO为体栓塞的危险因素。来自左房→20％发生体循环栓塞；80％体循环栓塞者有AF；1/4体循环栓塞者有反复和多发；2/3体循环栓塞为：脑栓塞→偏瘫失语；四肢动脉栓塞→肢体的缺血、坏死；肠系膜上动脉栓塞→小肠坏死、出血性肠炎；肾动脉栓塞→血尿；脾栓塞→脾区疼痛。右心衰右房附壁血栓和/或盆腔静脉、下肢深静脉血栓→肺动脉栓塞；左房大块血栓或带蒂血栓→堵塞二尖瓣口→猝死。
4、心力衰竭
为晚期并发症是RHD的主要致死原因，心衰在RHD发生率占50—70％，剧烈活动、妊娠、活动风湿常常是诱发因素。
右心衰竭→右心排血量↓→肺循环血量↓→左房压↓→呼吸困难有所下降，发生急性肺水肿和大咯血的危险减少，此为保护性作用，但其代价是心排血量降低。
5、感染性心内膜炎
发生率6—10％，发生在瓣膜病的早期，晚期瓣膜钙化或心房颤动者更少见；多见于MI、AI，单纯MS少见。
赘生物的部位位于血流从高压腔经狭窄口到低压腔产生高速射流和湍流的下游如：MI的瓣叶心房面、AI的瓣叶的心室面、VSD的间隔右室面，以及被血流高速冲击的心或大血管内膜处。与该处的侧压下降、内膜灌注减少有关，有利于微生物沉积、生长。感染的细菌常见草绿色链球菌(口腔入)、葡萄球菌(皮肤)、肠球菌和革兰阴杆(消化道泌尿)。一旦发生感染性心内膜炎就可以加重心衰。
6、呼吸道感染
在肺淤血的基础上，很容易出现。常见合并细菌感染，加重心衰。但肺淤血不利于TB的生长，不易合并肺内TB。