1、下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常
临床上很多患者和多囊卵巢综合征患者的基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果。
2、体腔上皮反复受经血激素或慢性炎症的刺激
可以化生为子宫内膜样组织形成子宫内膜异位症，80％的子宫内膜异位症发生在卵巢与卵巢生发上皮的化生潜能有关，但很多学者认为腹膜刺激合并子宫内膜异位症是果而不是因而且腹膜刺激都发生在异位灶以外的部位。
3、环境因素
膳食结构不合理，高胆固醇饮食、而维生素A、C、E的缺乏、吸烟、电离辐射等环境因素与其发生有关；
4、长期的饮食结构
生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化，人体整体的机能下降，引起肾虚，肝肾同源，肾卵巢囊肿病理虚肝亦虚，进而引起下焦代谢循环变慢，造成卵巢疾病和内分泌失调，免疫功能下降，从而发展为卵巢组织异常增生，终致卵巢囊肿，甚至癌变。
5、内分泌因素
未产妇或未育妇的发病率增加，而妊娠对卵巢癌似有保护作用；月经初潮偏早(12岁之前)、绝经时间在50岁之后、月经过频、应用促排卵剂超过3个周期(使用时应与您的医师讨论)、性早熟或男性化等也与卵巢囊肿的发生有关。