急性肾盂肾炎经常是由革兰阴性杆菌所引起,约占70%以上,其中大肠埃希杆菌最为常见,其次是变形杆菌,克雷白杆菌,产气杆菌,铜绿假单胞菌等;革兰阳性细菌约占20%,常见的为链球菌和葡萄球菌,近年来研究发现有些大肠埃希杆菌株表面有P纤毛,其黏附素与尿路上皮细胞特异性P纤毛大肠埃希杆菌受体结合,黏附于尿路上皮引起急性肾盂肾炎,P纤毛的黏附素分为Ⅰ级,Ⅱ级,Ⅲ级,其中具有Ⅱ级黏附素的菌株与急性肾盂肾炎紧密相关,血行性感染仅约30%,多为葡萄球菌感染。
急性肾盂肾炎感染的细菌主要来自尿路上行感染,当用各种器械检查或者经尿道手术时,细菌可由体外带入,经尿道上行感染,但更常见的是移居于会阴部的肠道细菌经尿道,膀胱,输尿管至肾脏。尿路梗阻和尿流停滞也是急性肾盂肾炎最常见的诱因,尿路在梗阻以上部位扩张和积液,有利于细菌繁殖,引起急性肾盂肾炎。