抗结核化学药物治疗对控制结核病起决定性的作用，合理的化疗可以使病灶消灭，最终达到痊愈。世界卫生组织将抗结核药分为五组。初治结核病通常选用第一组药物，耐药结核病或者因过敏、毒副反应不能耐受一线药物的可能需要选用其他几组药物。抗结核治疗原则可总结为10个字：早期、联用、适量、规律、全程。
1、肺结核早期、肺泡内有炎症细胞浸润和纤维素渗出，肺泡结构尚保持完整，可逆性大。同时细菌繁殖旺盛，体内吞噬细胞活跃，抗结核药物对代谢活跃生长繁殖旺盛的细菌最能发挥抑制和杀灭作用。早期治疗可利于病变吸收消散不留痕迹。
2、无论初治还是复治患者均要联合用药、临床上治疗失败的原因往往是单一用药造成。联合用药必须要联合二种或二种以上的药物治疗，这样可避免或延缓耐药性的产生，又能提高杀菌效果。既有细胞内杀菌药物又有细胞外杀菌药物，从而使化疗方案取得最佳疗效，并能缩短疗程，减少不必要的经济浪费。
3、药物对任何疾病治疗都必须有一个适当的剂量，这样才能达到治疗的目的，又不给人体带来毒副作用。几乎所有的抗结核药物都有毒副作用，如剂量过大，血液的药物浓度过高，对消化系统、神经系统、泌尿系统、特别对肝肾可产生毒副反应。剂量不足，血液浓度过低，达不到抑菌、杀菌的目的，易产生耐药性。所以一定要采用适当的剂量，在专科医生的指导下用药。
4、一定要在专科医生指导下规律用药，因为结核菌是一种分裂周期长，生长繁殖缓慢杀灭困难大的顽固细菌。在治疗上必须规律用药，如果用药不当，症状缓解就停用，易导致耐药的发生，造成治疗失败。
5、所谓全程用药就是医生根据患者的病情判定化疗方案，完成化疗方案所需要的时间，全疗程半年到一年左右，耐药结核病疗程更长。
因此，要想彻底治疗肺结核必须遵循以上五个原则：早期、联合、适量、规律、全程。这样才能确保治疗有效、彻底。