花斑癣的白斑发生的起因是由于糠秕马拉色菌能制造一种被称为杜鹃花酸(壬二酸)的物质，它能抑制多巴和酪氨酸起反应，从而抑制玄色素的生物合成。电镜诊断可见玄色素细胞内玄色素体小而不正常，而且不能输送至四面的角朊细胞中。
圆形糠秕孢子菌已被证实为本病的致病菌，为条件致病菌，当皮肤多汗，卫生条件差，长期应用皮质类固醇激素及罹患慢性消耗性疾病时，该菌可由腐生性酵母型转让化成致病性菌丝型，而引起皮肤发病，病原菌为糠秕马拉色菌，又称花斑癣菌，花斑癣菌为人体皮肤的正常菌群，有报道曾从92％正常人的头皮上分离出，其他带菌部位有背，躯干，四肢，面部等，儿童带菌率与年龄有关，年龄越大，带菌率越高，花斑癣菌平时腐生于角质层的表层，为孢子形态，在某些条件下，会从孢子相转变为菌丝相，具有感染力，侵犯周围组织产生损害。
诱发因素包括全身或局部使用皮质激素，皮肤使用油脂类制剂，慢性感染，营养不良，细胞外糖原沉着，家族遗传等，但临床上最常见的因素是高温和多汗。花斑癣菌具嗜脂性，所以皮损多分布于皮脂腺丰富的部位。花斑癣菌能产生对黑素细胞有抑制作用和细胞毒作用的二羟酸，从而使花斑癣损害呈现色素减退。亦有人认为是因为花斑癣菌及其代谢产物能阻止阳光透入局部皮肤而干扰了局部皮肤黑素形成所致。