引起瘊子的病因是人类乳头瘤病毒(HPV)所引起的。通过直接接触传染所致(亦有自身接触)，外伤和细胞免疫功能低下或缺陷也是重要原因。人类乳头瘤病毒可以通过皮肤的细小破损而直接接种并传染，因此皮损越来越多，再加上足部每天受力和鞋的摩擦，从而加重病情，使治疗起来难度加大。
它是由于病毒感染引起的，可以通过皮肤的微小破损自身接种传染，从而越来越多。由于足底每天受力，再加上鞋的摩擦，所以跖疣非常容易自身接种传染;并且由于摩擦表面有很厚的角质层，给治疗带来困难，很难一次根治。寻常疣也是瘊子的一种，寻常疣的病因是人体的肌体免疫力太低感染了人类乳头瘤病毒(HPV)，使皮肤生成赘生物寻常疣就是瘊子，在民间都这么叫的，就是看着难受，影响美观，也不痛不痒的，可是会传染很麻烦。
致病菌为人类乳头瘤病毒(HPV-1、2、3、4、7、27、28、29)。[1]皮肤和黏膜的损伤、细胞免疫功能异常是感染本病的直接因素。人乳头瘤病毒经伤口进入暴露的基底细胞。可以分裂的基底层细胞是病毒DNA的贮存处，带有病毒DNA的上皮细胞可以不出现任何临床表现而呈潜伏状态。发病时，病损处皮肤棘层肥厚，乳头瘤样增生和过度角化，伴有角化不全现象。