1、潜伏期
致病菌入眼后，在眼内生长繁殖并产生外毒素及内毒素，引起眼组织剧烈的炎症反应而出现一系列临床症状，这一潜伏期的长短因致病菌的毒力，被感染者反应性及防治程度的差异而不同，一般为3天左右，表皮葡萄球菌，白色葡萄球菌等条件致病菌，使用抗生素治疗以及真菌感染等的潜伏期较长，可达数周；而毒力强的金黄色葡萄球菌，溶血性链球菌，铜绿假单胞菌，蜡样芽孢杆菌感染的潜伏期可短至数小时，且症状剧烈，发展迅速。
2、症状和体征
典型的化脓性眼内炎有显著的表现，例如眼红肿，疼痛，畏光流泪，视力急剧减退，眼睑和结膜充血水肿，角膜水肿混浊甚至出现基质脓肿，房水混浊或有积脓，虹膜肿胀纹理不清，瞳孔缩小或伴有渗出膜，晶状体可有混浊甚至皮质溶解，玻璃体呈灰白色颗粒或碎片状混浊甚至形成脓肿，瞳孔区黄白或灰白色反光取代正常的橘红色眼底反光，眼底模糊不清。
眼球穿孔伤者，常可发现角巩膜伤口有脓性分泌物或坏死组织；白内障术后者，可在角巩膜切口或缝线部位发现脓性分泌物，晶状体囊袋内有脓性分泌物积聚；青光眼术后发生眼内炎多为迟发性，因滤过泡过薄或有瘘管形成继发感染所致，可见滤过泡变混浊及泡周充血等，有时还可见到脓性混浊物由滤过口向前房内弥散；内源性者发病早期常可见到眼底：视网膜水肿，血管扩张出血，孤立或融合的灰白或黄白色病灶，常伴以全身的菌血或毒血症状，并可能找到原发感染病灶及其相应的症状体征。
3、转归
化脓性眼内炎可严重损害眼球组织，导致角巩膜的溃烂穿孔，晶状体混浊溶解，玻璃体混浊机化，牵引性视网膜脱离，视神经萎缩等，最后以眼球痨而告终，急性严重病例，有时需作眼球摘除或眼内容挖出，部分病例炎症可向眼球表面的筋膜，甚至向眶内组织蔓延，导致全眼球炎和眶蜂窝织炎，此时眼痛加剧，眼睑和结膜高度充血水肿，眼球突出固定并常伴发热等全身症状，若炎症侵及颅内，则可引起危及生命的海绵窦血栓形成及化脓性脑膜炎。