一、药物治疗
除了局部应用扩瞳剂如1％阿托品外，主要是选用有效的抗生素。
1、抗生素的选择
由于病原菌的检查需待时日且阳性率较低，因此在明确病原菌之前，可根据上述的病原诊断内容初步选择抗生素。若为初次治疗，一般选用对革兰阳性球菌较敏感的广谱抗生素，如林可霉素、先锋霉素、万古霉素等。若疑为真菌感染，则可选用两性霉素B和达扶康。当病原菌明确后，再根据药敏试验进行调整。
2、给药途径的选择
（1）全身用药。由于血-眼屏障，许多药物不能进入眼内。虽然炎症使血-眼屏障受到破坏，但进入玻璃体腔内的药物也难以达到有效的治疗浓度。因此全身用药治疗眼内炎作用可能有限，但可用于防止炎症向眼外发展，在治疗内源性眼内炎控制全身感染方面有着重要意义。因此，现仍常用静脉滴注抗生素。为了减轻炎症对眼组织的损害，往往同时给予皮质激素。
（2）球结膜下或眼球旁注射时绝大部分抗生素难以渗入玻璃体腔内，即使球旁注入较大剂量，也仅少数可进入前房达到治疗浓度，且维持时间短，需每天多次注射。因此这一给药途径主要用于治疗眼前段的炎症，特别适合滤过泡或角巩膜伤口有感染者，不宜作为眼内炎的首选给药途径。
（3）药液滴眼。不少抗生素能很好透过角膜进入前房，其在前房的浓度较球结膜下注射更高，但维持时间短，需频繁点药，而且难以渗入玻璃体内，故局部滴眼也以治疗眼前段的感染为主。
（4）玻璃体腔内注射。将有效剂量的抗生素直接注入玻璃体腔内，是目前治疗眼内炎最常用及有效的给药方式。
二、手术治疗
玻璃体腔穿刺注药术：玻璃体腔内注射抗生素首先见于Sallmann的实验研究。他将青霉素注入眼内成功地治愈了实验性葡萄球菌性眼内炎。之后，对许多抗生素在眼内的治疗浓度及其对眼组织的毒、副作用进行了大量的实验研究，已确定了能安全注入玻璃体腔的抗生素不下30种，但常用的仅是少数几种：
每次玻璃体腔内注药剂量(配制成0.2ml溶液)：抗细菌庆大霉素200μg；万古霉素1mg；克林霉素450μg；头孢他定2.5mg；阿米卡星400μg；妥布霉素0.5～1mg；抗真菌两性霉素5～10μg；达扶康100～150μg；激素地塞米松350～400μg。