肛门脓肿的发病原因有以下：
1.肛门腺感染。肛门腺开口于肛管直肠交界处的肛窦内，肛窦呈漏斗状向上开口，易损伤及细菌的侵入而引起感染。肛窦一旦感染后，会引起感染化脓，炎症向肛周的间隙内扩散，因为肛周间隙抵御细菌感染的能力差，感染易于在这些间隙中扩散，形成不同部位的脓肿。
2、全身抵抗力减弱。如糖尿病、年老体弱、过度疲劳、以及结核患者和艾滋病患者的抵抗力下降，容易发生肛周脓肿，直肠癌患者也可发生肛周脓肿。
3、肛门局部刺激和损伤。如经常吃辣椒、饮酒等刺激性饮食会导致肛管直肠局部充血、抵抗力下降而诱发感染。另外，干硬的粪块擦伤肛管皮肤黏膜，腹泻患者的稀粪落在肛窦内导致肛门腺阻塞，以及肛门直肠外伤或随饮食咽下的鸡、鸭、鱼骨刺伤肛管直肠等，都可以导致肛门直肠周围发生感染而发展成为肛周脓肿。
第二，也可根据影响肛周脓肿的因素进行分析：
(一)感染性因素：现代医学认为，感染是引起本病的主要原因。
(二)医源性因素：临床上属医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见。
(三)手术后因素：临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿，以及尿道术后感染、会阴部术后感染、产后会阴破裂缝合后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染等引起的脓肿。
(四)其它：如枪、刀伤，直肠内异物损伤后感染，性病淋巴肉芽肿，放线菌病，直肠憩室炎感染，肛管直肠恶变破溃或波及深部的感染，及身体虚弱，抵抗力低下，或患有慢性消耗性疾病，或营养不良，都是肛门直肠周围脓肿的发病原因。