反流性肾病的病因是膀胱输尿管反流。膀胱输尿管反流是尿液通过不健全的膀胱输尿管连接处的反流。生理情况下，输尿管最后一段的活瓣机制的解剖功能完整性能防止这种反流。这一活瓣机制包括：输尿管斜行穿过膀胱壁；输尿管壁特殊的肌组织；输尿管口黏膜瓣。前述活瓣机制解剖功能完整性的改变，将导致原发或继发性膀胱输尿管反流。
一、原发性膀胱输尿管反流
原发性膀胱输尿管反流临床最常见。多见于小儿。为膀胱黏膜下输尿管段的先天性异常，如先天性膀胱黏膜下输尿管过短，膀胱三角肌组织发育不良等。随着小儿成长，膀胱基部发育完善，反流多数会消失。
二、继发性膀胱输尿管反流
继发性膀胱输尿管反流可继发于多种原因所致的膀胱颈或尿道梗阻（膀胱高压），神经性膀胱（膀胱肌无力）、膀胱结核及膀胱手术后（引起输尿管的损伤）等。
三、膀胱输尿管反流的分级
目前被广泛接受的仍是国际儿童膀胱输尿管反流研究组提出的反流程度分级标准：
1、Ⅰ级仅累及输尿管。
2、Ⅱ级累及输尿管和肾盂，肾盏无扩张，肾盏穹隆正常。
3、Ⅲ级输尿管轻中度扩张和（或）弯曲，肾盂轻中度扩张，穹隆无或仅轻微变钝。
4、Ⅳ级输尿管中度扩张和（或）弯曲，肾盂肾盏中度扩张，穹隆锐角消失但大多数肾盏乳头外形存在。
5、Ⅴ级输尿管、肾盂肾盏严重扩张和弯曲，大多数肾盏乳头外形消失。