非淋菌性尿道炎确诊后，采用广谱抗生素疗法，并且强调要连续不间断用药，要规则、定量、彻底治疗。治疗后10-20天复查再次均为阴性，并用临床症状消失为治愈。本病治疗时所需的疗程较长。 药物治疗
根据中华人民共和国卫生部卫生防疫司《性病防治手册》推荐方案： 1、治疗由衣原体或支原体引起的成人无并发症尿道炎和宫颈炎的推荐方案：多西环素100mg，口服，每日2次，连续7d；或盐酸四环素500mg，口服，每日4次，至少连服7d，一般为2一3周。也可在7d后改为250mg，每日4次，直至21d；或美满霉素100mg，口服，每日2次，连服10d；或土霉素250mg，口服，每日4次，连服7d.由于孕妇不宜用四环素，可改用对肝脏损害较小的红霉素治疗，红霉素治疗剂量为500mg，口服，每日4次，连服7d。口服药外，另用含PHMB杀菌成分的娇妍洁阴洗液内洗外洗配合治疗。 2、对患者的性伴侣也应进行检查和治疗。 3、由于耐青霉素淋球菌菌株的流行，以及多达45％的淋病患者在感染淋球菌的同时也感染衣原体，而尚缺乏快速、可靠的检测衣原体的方法，故采用头抱曲松钠(250mg，1次肌注）和多西环素（100mg，口服，每日2次，连续7d）联合治疗淋病和NGU。 治愈的标准是患者的自觉症状消失，无尿道分泌物，尿沉渣无白细胞，无任何后遗症。