5、骨骼系统病变
致病菌以堪萨斯分枝杆菌，鸟-胞内分枝杆菌，土地分枝杆菌及海分枝杆菌多见，常由伤口接触土壤，水而感染，可引起骨骼，关节，腱鞘，滑囊及骨髓感染，次要分枝杆菌可引起化脓性关节炎。
6、血源性播散性分枝杆菌病
见于严重细胞免疫抑制者，如血液系统恶性肿瘤或同时接受肾上腺糖皮质激素治疗及艾滋病患者，致病菌多为鸟-胞内分枝杆菌，其次为堪萨斯分枝杆菌及瘰疬分枝杆菌，其临床特点是病程长而有起伏，可累及各系统器官，对抗结核药物耐药，预后差，病死率高，肺部病变表现为炎性改变，其中1/4呈粟粒样改变，也可出现肝脾肿大，瘰疬分枝杆菌和鸟-胞内分枝杆菌可引起全身性淋巴结肿大，其组织学酷似结节病，这两种细菌还可引起广泛的多发性骨骼病变，表现为慢性骨髓炎和窦道形成，迁延多年不愈，或反复发作，鸟-胞内分枝杆菌还可引起广泛性腹腔内感染，包括肠系膜，腹膜后淋巴结和内脏弥漫性粟粒性病变等。
7、其他部位感染
尚有MAC引起泌尿，生殖系统感染；偶发分枝杆菌引起眼部及牙齿感染；林达分枝杆菌（M.linda）引起胃肠道感染；副结核分枝杆菌和斑尾林鸽分枝杆菌（M.woodpigeon）与克罗恩病有关。
8、医院感染
近年来已对NTM引起医院内感染的重视，世界上已有26起NTM感染的暴发流行报道，常见致病菌为快速生长的龟分枝杆菌，脓肿分枝杆菌所引起，主要发生于手术污染，介入治疗污染，插管污染，人工透析污染及心脏体外循环污染等情况下引起感染，1998年我国深圳市某医院在2个月内因消毒液错配导致168例患者手术后受脓肿分枝杆菌感染的暴发流行，手术后患者发病率为57.53％（168/292），其特点为发病人数多，发病率高，潜伏期长，是一次罕见的医院感染。