肥厚型心肌病常发生心律失常、心脏性猝死、动脉栓塞、感染性心内膜炎和心力衰竭等并发症，因此肥厚型心肌病需要积极治疗。
1、心律失常：肥厚型心肌病易并发心律失常，心律失常发生率高为其突出特点。室性心律失常为最常见的心律失常，室上性心律失常和心房颤动也较常见，严重者可发生室性心动过速，甚至室颤或停搏、可引起猝死。其中室性心律失常和心房颤动最为重要，需要治疗。
2、心脏性猝死：是肥厚型心肌病患者主要死亡方式，猝死占死亡病例的一半以上，有报道猝死占死亡病例的78％，猝死的原因为严重心律失常，主要是室性心动过速和室颤。
3、动脉栓塞：易并发动脉栓塞，发生率约9％，形成血栓的主要部位是左心耳，进展到肥厚型心肌病扩张期；也可以在左心室形成血栓，血栓脱落形成栓子，造成动脉栓塞，以脑栓塞多见。
4、感染性心内膜炎：通常发生在梗阻性肥厚型心肌病，发生率约5％～10％，感染灶好发于二尖瓣、主动脉瓣、室间隔上部接触性损伤部位的心内膜非梗阻性肥厚型心肌病，发生感染性心内膜炎极少见。
5、心脏传导阻滞：可发生在窦房结和房室结，经常遇见到，也是影响药物治疗的因素。
6、心力衰竭：该病由于心肌肥厚，心室舒张的顺应性降低，早期即可引起左心舒张功能不全，左室舒张末压和左心房压升高；随病情进展，可伴发左心室扩张和收缩功能障碍，出现严重心力衰竭症状，称肥厚型心肌病扩张期，发生率约14％～16％。
7、猝死：少数肥厚型心肌病患者会发生猝死，其前可能没有任何征兆。系统评价可能有助于识别这类高危患者。