孢子丝菌病的并发症还是较多的。
(一)皮肤淋巴管型孢子丝菌病
亦称树胶肿型孢子丝菌病。约占各型病例的75％。由外伤处植入，约经5～180d，平均21d左右局部出现一小而硬可推动的无痛性皮下结节，呈红、紫或黑色，穿破皮肤后成为孢子丝菌下疳。有时初起即为溃疡，历数周至数月可愈合并在它处出现新的损害。当病程历久，尚可沿其引流的淋巴管出现许多类似皮下结节。典型病例常侵犯指或腕部，损害连成一串结节，直至臂部，有如“电话线”样。一般后起损害较少溃破，可持续数月、数年。
(二)固定型皮肤孢子丝菌病
在本病流行区，人们由于获得抵抗力，患本病后可不波及淋巴管而局限于一处，故名。常好发于面、颈、躯干，损害呈溃疡、肿胀状、疣状、痤疮样、浸润性、肉芽肿性或红斑样斑块，或呈鳞屑性斑片、丘疹、小结节，也常见卫星状损害。有些地区这型可占患者总数的40％～60％，一般约占20％～25％。在我国江苏北部，此型约占30％或更多。其临床表现多样，可呈结痂渗出性斑块、疣状皮肤结核样，或如丘疹坏死性结核疹、结痂性梅毒疹、着色真菌病及皮肤黑热病样。有时可自愈，也可持久不愈或愈后又在局部呈其它形态复发，此型一般不引起全身播散。
(三)皮肤粘膜孢子丝菌病
此型少见，偶可继发于全身播散。在口腔、咽喉部或鼻部损害初呈红斑、溃疡或化脓性损害，后来变成肉芽肿性、赘生性或乳头瘤样损害。常有疼痛，局部红肿，附近淋巴结肿且硬。粘膜孢子丝菌病有时可如阿夫他溃疡、口腔扁平苔藓或继发性皮肤黑热病，可愈合结疤，但局部仍有菌存在。
(四)皮外及播散性孢子丝菌病
1.骨、骨膜及滑膜孢子丝菌病 据报告，30例皮外型中80％是骨孢子丝菌病，且多有皮肤及皮下组织病变，也可波及骨膜及滑膜致残毁性关节炎。骨常波及指骨、趾骨、跖骨、尺骨、桡骨及股骨、肋骨等。关节孢子丝菌病可致肿痛及运动受限并常有关节腔积液，穿刺液可培养出孢子丝菌。一般来说在皮外型孢子丝菌病中的病菌较皮肤型为多。