鼻咽囊肿的症状是主要有鼻腔后部脓性分泌物向下流入口咽部。患者自觉呼吸时有臭味，用力吸咳时可咳出脓液或脓痂。有时在鼻咽部感到压迫、胀满和疼痛。头痛位于枕后粗隆下方，与蝶窦炎引起的头痛相似。伴有颈后肌肉酸痛僵直，转头时则加重 ，一旦囊肿破裂，头痛则迅即消失。炎症或脓性分泌物堵塞咽鼓管咽口，可出现耳闷、耳鸣、耳聋。囊肿较大堵塞后鼻孔者，可发生鼻阻塞，睡眠时有鼾声。有感染时可发生颈淋巴结炎，少数伴有低热。
鼻咽镜下可见鼻咽部囊性肿块。垂体囊肿位于鼻咽的最高处，在增殖体上缘，常伴有垂体遗留组织。囊肿外观呈半透明的球形或半球形，柔软，有弹性，呈灰白色，表面血管清晰。基底广的占大多数，也有带蒂的。囊液多为黄白色稠厚的胶样液体。咽囊囊肿的表面多光滑，也可能有少量增殖体组织，直径约1-2cm，中央有小凹陷或开口，其内容物为清亮的浆液或稠厚的粘液，如经感染则呈脓性。
脓痂可附着于咽囊开口处，以探针探查外口，可有分泌物溢出，形似猪油或豆腐渣，有时亦呈干酪样。鳃裂囊肿可见一侧或双侧鼻咽部侧壁有圆形或椭圆形隆起，大小不一，其直径可为1.5-8cm。囊肿内有黄色混浊液体，或干酪样物质，少数呈颗粒状。触诊有坚实感。皮样囊肿常有蒂，附着在鼻咽侧壁或软腭的鼻咽侧。