1、肠出血：肠壁溃疡累及血管，可造成肠出血。出血量多少不等，大出血时患者往往出现面色苍白、脉搏细数及血压下降等出血性休克表现。
2、肠穿孔：多见于暴发型。穿孔部位以盲肠、阑尾及升结肠为多见。急性穿孔可引起弥漫性腹膜炎，病情严重。慢性穿孔造成周围组织粘连，形成局部脓肿。
3、阑尾炎：阿米巴阑尾炎症状与普通阑尾炎相似，易形成脓肿，若有慢性腹泻或阿米巴痢疾病史，粪便中找到阿米巴滋养体或包囊，则有助于二者的鉴别诊断。
4、非痢疾性结肠病变：系由增生性病变所引起，包括阿米巴瘤、肠道阿米巴性肉芽肿及纤维性狭窄。阿米巴瘤为大肠壁的炎性假瘤，以腹痛和大便习惯改变最多，部分伴间歇性痢疾，可诱发肠套叠和肠梗阻，主要体征为：右髂扪及可移动的、光滑的鹅卵形或肠曲样块物，X线上见占位性病变，对抗阿米巴治疗有良好效果。
阿米巴痢疾的肠外并发症有：肠外并发症以肝脓肿最为多见，脓肿穿破可延及附近组织器官。经血路可直接累及脑、肺、睾丸、前列腺、卵巢等。阿米巴肝脓肿可发生于本病全过程中，或者病后数周至数年。多以长期不规则发热起病，体温可达39℃以上，以弛张热型多见，常伴右上腹或右下胸部疼痛，肝脏进行性肿大，压痛显着为主要临床表现。脓肿多数为单发，且多在肝右叶，其原因多与右叶大，占整个肝脏体积的4/5，且肠道病变多在回盲部，该处大部血液循环经肠系膜上静脉流入肝右叶有关。肝脓肿若位于左叶，可在较短时间出现明显的局部症状与体征，但诊断较难。脓肿表浅可有局部压痛或具波动感，此时行肝穿刺见猪肝色、腥臭气味的脓汁，内含溶解坏死的肝细胞、红细胞、脂肪、夏科雷登结晶等，滋养体不多见，可在脓腔壁中找到，但未发现过包囊。若合并细菌感染，则脓腔内为黄绿色或黄白色脓液。