试管婴儿经过多年发展，属于相比较安全的辅助生殖技术，但仍然有可能会对女性造成危害和后遗症，如雌激素水平过度升高、高凝状态、感染、卵巢扭转、宫外孕，以及增加并发症的发生几率等。
1、雌激素水平过度升高：女性在试管婴儿超促排卵过程中，会使用大量促排卵药物，此时卵巢内会有多个卵泡发育，可能导致患者体内雌激素水平明显升高，出现腹胀、食欲不振、少尿等不适症状，严重时会导致心肺功能下降；
2、高凝状态：女性在试管婴儿早期阶段，通常需要使用抗凝药物，如肝素等，可能会导致凝血状态较高，容易形成血栓；
3、感染：穿刺取卵的过程中，通常需要反复抽吸才能获取卵子，如果手术医生没有经验，或手术环境、手术器械消毒不到位，容易引起女性出现盆腔出血，诱发盆腔感染。此外取卵过程中还容易损伤周围脏器，并容易出现感染的情况，如损伤膀胱并发感染时，患者可能会出现血尿的情况；
4、卵巢扭转：女性应用促排卵药物，可能卵巢明显增大，取卵后卵巢内其他卵泡内可能会出现出血，此时可能导致两侧卵巢重量不一样，此时女性在日常生活中活动过度，或改变姿势过于迅速，可能导致卵巢扭转，具体症状有下腹痛、恶心、呕吐等，若复位不及时，可能导致卵巢坏死；
5、宫外孕：将胚胎移植到宫腔后，一般要在宫腔内游离3-4天，才能找到较好的着床点，若胚胎游离至输卵管内时，便会出现宫外孕的情况。另外，在移植胚胎的过程中，也可能将胚胎错误注入到输卵管，从而导致宫外孕；
6、增加并发症的发生几率：试管婴儿可能导致女性出现多胎，如双胞胎、三胞胎等，此时会明显增加女性在妊娠期和分娩过程中并发症，如可能会增加妊娠期高血压、重度子痫前期、妊娠期糖尿病等疾病的风险，此外还会增加分娩过程中、产后出血及羊水栓塞的风险。
上述危害、后遗症的发生几率a通常比较小，女性无需过度担心。女性在试管婴儿移植后，应避免劳累和剧烈活动，如提重物、跑步等，还应避免性生活，以免导致女性出现流产等情况。