恩替卡韦在慢性乙型肝炎的抗病毒治疗中占据重要地位，尤其适用于那些病毒活跃复制、血清转氨酶持续升高或肝脏活检显示炎症活动的患者。该药物可能引发的副作用主要包括丙氨酸氨基转移酶(ALT)升高、乏力、眩晕、腹痛、上腹不适、恶心呕吐、肝区痛感、肌肉疼痛、失眠及皮疹等，这些反应多为轻度至中度。值得注意的是，在使用恩替卡韦的过程中，未经医生指导不得擅自停药，因为突然中断治疗可能导致病情加剧。对于药物或其成分存在过敏反应的患者，应避免使用恩替卡韦。
作为慢性乙肝的治疗药物，恩替卡韦的副作用可从两方面理解：一是初用阶段可能出现较为明显的不适，如头痛、疲劳、眩晕及恶心等，这些症状随治疗进程往往减轻，同时，药物可能对肾功能和钙磷代谢产生影响，治疗期间需监测相关指标。二是不恰当停药可能导致病毒复发，严重时甚至引发肝衰竭，强调了持续规律治疗的重要性，不可任意停药。
长期服用恩替卡韦的患者可能遇到的副作用包括轻微的疲劳、头痛、恶心及皮疹，通常不影响日常生活；部分患者可能会经历睡眠问题，如入睡困难、睡眠变浅、睡眠时间缩短等，这些问题在停药后多能自行缓解；此外，极少数情况下，可能会发生乳酸酸中毒，这一风险在失代偿期肝硬化患者中更为突出。
尽管有报告指出，个别患者在用药期间可能出现肾功能异常，表现为肌酐水平上升、微量白蛋白尿及肾小球滤过率下降，但总体而言，恩替卡韦的副作用被认为是轻微且罕见的，依然是临床实践中极为有效的首选抗病毒药物。