问题1以偏概全脱离事实
作者在文章开篇建立的系统进化树可以说异常粗糙。在建立进化树时选择的数据越少，其推导出的结论可信度就越低。作者为了得出自己的观点，挑选了一些不同来源的冠状病毒数据：例如，蝙蝠、兔子、猪、骆驼、家禽，以及2003年的SARS病毒和2014年的MERS病毒来进行聚类分析。
图|参考文献[1]
从作者的进化树不难看出，新型冠状病毒和SARS的亲缘关系最近，和蝙蝠来源的冠状病毒反而还有点远。
这一结果与近期我国多位科研工作者所给出的研究结论相悖。我们找到了与这篇论文同一天刊登在《科学》杂志上的一张系统进化树，其中的关键数据就是我国著名病毒学家——石正丽的科研团队贡献的。
图|参考文献[2]
这张图中引用的数据更多，其结论也更加清晰明了。我们可以清楚地看到几个大分支，首先SARS和来自果子狸的SZ3分离株同源度最高，处于同一分支，它们又和一些蝙蝠来源的冠状病毒相似度较高，附属于一个更大的分支内。由此我们可以推断这个病毒传播途径是蝙蝠→果子狸→人。这次的武汉新型冠状病毒和来自蝙蝠的RaTG13分离株的同源度最高，处于另一分支内。两者尽管相似，但大概率具有不同的进化和传播途径。目前由于时间短暂，缺乏更多测序数据，尚无法确定蝙蝠和人之间是否还有中间宿主。
而来自印度的作者无视了RaTG13这个分离株的数据。坚称自己发现的4个短肽段的是武汉新型冠状病毒特有的（暗示人为加入）。事实上，我们在来自蝙蝠粪便的RaTG13病毒分离株的刺突糖蛋白上也能找到这4个短肽段，或完全一致或高度相似。说明新型冠状病毒的这些肽段早就天然存在。作者的论点不攻自破。
比对结果显示，来自蝙蝠粪便的RaTG13病毒蛋白中也能找到文章中提到的4个短肽段，或完全一致或高度相似|Nekout
问题2欲加之罪何患无辞
这篇文章的另一个关键论点，是这4个短肽段和HIV的蛋白上一些肽段高度同源。然而这一论点同样“不小心”忽略了一些数据。
下面这个网站是生物学界最权威的序列比对工具BLAST，有了它，就可以足不出户访问世界上最全的生物学序列数据库，比对任何序列数据。
我们把1号肽段的6个氨基酸放进查询序列框内，然后直接点击页面底部的BLAST按钮。
我们会发现，许多蛋白都具有这段6个氨基酸的序列，全都是100%的一致性。它们分别来自不同物种的不同蛋白，从哺乳动物到细菌都有，可能翻完一整页都看不到HIV的信息。
包括细菌和鱼类等很多物种都有这个序列，而作者偏偏“别有用心”地选出了HIV。
那么我们再缩小一下搜索范围，把物种限定在HIV里找寻一次，看看效果如何。
嗯。确实能在HIV上找到具有100%一致性的肽段。
以上这些说明了什么呢？
我们打个比方帮助你理解：假设你写了一段话发表在网上，有好事者想证明你的话是抄来的。怎么证明呢？他从你的句子里挑出“我快无聊死了”6个字扔进搜索栏，同时输入某明星的名字，发现完全一致，然后就说你的话是从明星那儿搬来的。但事实上，几乎所有人都在网络上说过相同的话，并不单单是某明星的专属。
蛋白质序列和文字一样，序列越短，随机出现在各个物种的概率就越高，拿6个片段比对出的结果和“我快无聊死了”一样，是没有任何意义的。
说到这里你应该能体会到该论文的荒诞之处了吧。
