新生儿脊髓栓系综合症可以通过手术治疗改善症状，多数患儿在及时干预后能正常生存。治疗效果与栓系程度、是否合并畸形、手术时机、神经损伤程度以及术后康复管理等因素密切相关。
轻度栓系仅需松解手术，神经功能恢复良好；重度栓系可能伴随脊髓空洞症或脂肪瘤，需复杂手术修复。术后排尿功能障碍改善率约60%-80%，运动功能恢复与术前损伤程度相关。
约30%的患儿合并脊柱裂、脊膜膨出等先天畸形。存在隐性脊柱裂时需同期行修补术，合并Chiari畸形可能需后颅窝减压。多重畸形会增加手术难度，影响远期预后。
出生后3-6个月是理想手术窗口期，此时神经可塑性较强。延误治疗可能导致不可逆的膀胱功能障碍或下肢瘫痪，但过早手术（小于3个月）麻醉风险增高。
术前已出现足内翻、肌肉萎缩等体征提示神经永久性损伤，术后需长期康复训练。感觉障碍恢复优于运动功能，约15%的患儿遗留永久性大小便失禁。
术后需定期进行尿动力学评估和脊柱MRI复查，50%的患儿在青春期需二次手术。康复治疗包括盆底肌训练、间歇导尿和矫形支具使用，持续至骨骼发育成熟。
建议建立包含神经外科、泌尿外科和康复科的多学科随访体系。母乳喂养可促进神经修复，补充维生素B12有助于髓鞘形成。避免剧烈运动防止脊柱过度屈伸，定期进行发育评估。早期干预的患儿80%以上可达到正常寿命，生活质量与手术时机直接相关，建议每半年进行一次脊髓超声或MRI动态监测。