小宝宝吃荔枝可能引发腹泻，这与果糖不耐受、过量进食、果肉污染、过敏反应以及消化系统未成熟等因素有关。
荔枝含高浓度果糖，婴幼儿肠道中缺乏足够的果糖转运蛋白，导致未被吸收的果糖在结肠发酵产生气体和短链脂肪酸，刺激肠道蠕动从而引起腹泻。初次尝试时单次不应超过一颗，并观察24小时无异常后再逐步增加摄入量。如果出现腹泻，可以通过口服补液盐预防脱水，并暂停食用荔枝。
每日安全摄入量为婴幼儿体重每公斤0.5克果肉，大约三颗中等大小的荔枝含有15克果肉，超量会加重肠道负担。急性腹泻时可服用蒙脱石散保护肠黏膜，并配合双歧杆菌调节菌群。建议将荔枝去核切块分次食用，避免整颗吞咽。
荔枝表皮褶皱处容易藏匿致病菌，而儿童免疫系统较弱，更容易受到感染。食用前应用盐水浸泡15分钟去除农药残留，再用流动水冲洗干净后剥净内膜。若出现黏液便或发热症状，需要进行大便常规化验，细菌性腹泻可以使用头孢克肟或阿莫西林等抗生素治疗。
荔枝中含有致敏蛋白Profilin，婴幼儿可能出现腹泻伴有皮疹或呕吐等症状。建议至少等到孩子满一岁后再引入这种食物，并且首次食用后要密切观察口周是否红肿。确诊为过敏者应完全避免接触荔枝及其制品，急性发作时按医嘱服用西替利嗪滴剂，严重情况下需准备肾上腺素笔以备不时之需。
对于两岁以下的幼儿来说，其消化酶分泌不足，荔枝的高渗性质可能会引发渗透性腹泻。家长可以将荔枝肉蒸煮软化纤维或者打成泥状混合米糊给小孩食用。如果持续腹泻超过三天，则需要检测乳糖耐受情况，必要时改用无乳糖配方奶粉过渡。
在荔枝季节里要注意冷藏保存防止变质，腹泻期间推荐给孩子提供苹果泥、焦米汤等低渣食品，同时补充锌制剂促进肠黏膜修复。适量腹部按摩配合益生菌调理也有助于恢复健康状态，但应避免空腹食用荔枝。当出现血便、持续呕吐或尿量减少等情况时应及时就医，警惕重度脱水的风险。哺乳期的母亲过量食用荔枝也可能通过乳汁影响婴儿肠胃健康。