婴儿出现水样大便可能是由于饮食不当、药物因素、胃肠道感冒或急性肠炎等原因导致，针对不同情况需采取相应的治疗措施。
婴儿食用生冷或辛辣食物可能会刺激胃肠黏膜，造成功能紊乱从而引发腹泻。可以通过服用酪酸梭菌活菌片或乳酸菌素片等药物来调节肠道菌群，改善消化功能。
长期使用抗生素可能导致抗生素相关性腹泻，表现为水样粪便。此时应停用抗生素，并通过口服双歧杆菌或嗜酸乳杆菌等益生菌来恢复肠道正常菌群平衡。在必要情况下，还需进行粪便培养以确定特定病原体并给予针对性治疗。
胃肠道感冒是由上呼吸道感染引起的一系列胃肠道症状，婴儿除了发热、流鼻涕和咳嗽外，还可能出现恶心呕吐、食欲减退及水样大便。对于此类病症，在治疗原发病的同时也应注意对症处理如退热以及对抗细菌感染。当宝宝水分丢失较多时，可适当补充蒙脱石散与双歧杆菌，并且根据实际情况考虑是否需要补充电解质溶液。
若婴儿摄入了不干净的食物，则可能发生由病毒或细菌引起的急性肠炎，伴随显著发热、呕吐、腹痛等症状。此时应在医生指导下合理使用止泻药如蒙脱石散或消旋卡多曲；如果是细菌性感染则可能需要用到头孢类抗生素。同时要注意观察是否有严重脱水迹象（如皮肤干燥、眼窝凹陷），必要时需通过静脉输液方式快速补充液体。
此外，某些较为罕见的情况比如胃肠道肿瘤也可能表现出类似的症状，遇到这种情况应及时就医以便尽早诊断并制定合适的治疗计划。在整个过程中，所有药物都应在专业医师指导下使用，避免自行调整用药方案以免影响康复进程。