起病隐匿，一般不发热，只有轻度的呼吸道症状，如流涕、鼻塞、咳嗽，咳嗽可持续且逐渐加重，出现百日咳样的阵咳，但无回声。呼吸加快为典型症状，偶见呼吸暂停或呼气性喘鸣音，可闻及两肺湿?音或喘鸣音。偶可发生胸膜渗出，半数病人可见结膜炎和鼓膜外观异常。末梢血象往往出现嗜酸细胞增多。血内IgM、IgG和IgA均增高。PaO2降低但PaCO2正常。肺活检可见坏死性毛细支气管炎及肺泡实变。病程迁延，常达数周，多可自愈。
1.病史沙眼衣原体肺炎时，常有母亲感染史及结膜炎病史，小婴儿多见。鹦鹉热肺炎常有接触病菌及其污染物的病史。肺炎衣原体肺炎年长儿多见，多无病禽接触史。
2.临床表现
(1)沙眼衣原体肺炎：多见于3个月内小婴儿，尤其出生后3周左右。一般先有上感表现如流涕、鼻塞等，多不发热或低热，随后出现咳嗽，出现百日咳样阵咳，但无回声，呼吸增快为典型症状，偶有呼吸暂停。肺部可出现湿?音，有时可有呼气性喘鸣音。可伴心肌炎、胸膜炎、胸腔积液，50％伴有包涵体性结膜炎及鼓膜外观异常。病程迁延，常达数周。
(2)肺炎衣原体肺炎：多见于年长儿，起病较缓。初起有上感症状，并常伴咽痛、声音嘶哑、发热。继之咳嗽加重，且持续时间长，多可持续3周以上，少数可伴有肌痛、胸痛等。肺部体征常不明显，可闻及干、湿性?音。常伴淋巴结肿大，还可合并中耳炎、鼻窦炎及肺炎链球菌感染。近年来发现，肺炎衣原体除可引起呼吸道疾病外，还可引起心肌炎、脑炎等呼吸系统以外的疾病。
(3)鹦鹉热衣原体肺炎：多见于年长儿与成人。起病多隐袭，病情轻时表现为一过性流感样症状。亦可急性起病，寒战、头痛、咽痛、乏力、发热，体温可高达40℃，相对缓脉，咳嗽重，咳少量黏痰或血痰，并可出现恶心、呕吐、腹痛等消化道症状。儿童可有嗜睡、谵妄、抽搐等神经精神症状。肺部常无明显体征，偶可闻及湿?音，重者可有肺实变体征。另外还可有心内膜炎、贫血、反应性肝炎、肝脾肿大、蛋白尿、结节性红斑、DIC等。