骨髓炎的治疗方法主要包括病灶彻底清除、开放性松质骨植骨以及反复冲洗。具体治疗手段包括穿刺吸引术，通过减轻骨髓腔压力防止炎症扩散，并可向腔内注入抗生素；开窗引流术，在骨质局部已有破坏及骨髓腔阴影增宽的情况下，进行骨皮质钻孔或开窗以利于分泌物引流；死骨取出术是治疗慢性骨髓炎最常见和基本的方法之一，适用于较大的死骨；带蒂肌肉瓣充填术用于处理骨腔大、窦道久治不愈的情况，利用正常肌组织填充缺损处；对于一肢多处骨髓炎合并多数窦道且长期难以治愈甚至发生恶变者，可能需要采取截肢术；此外，大块病骨切除术适用于慢性血源性骨髓炎患者，特别是那些病骨已经硬化或者局部瘢痕较多的病例。
骨髓炎患者的饮食管理也很重要。在治疗初期，建议采用清淡可口的素食，避免过多摄入酸性食物如糖、酒、肉类等，而应多吃蔬菜水果等碱性食品，并鼓励多喝汤，保持低脂肪、低糖、低盐的饮食习惯。随着病情好转进入中期阶段后，可以在原有基础上适当增加高蛋白食物的比例，注意粗细搭配、少荤多素，同时加强钙质补充。到了稳定巩固治疗期，虽然病人状况已明显改善，但仍需坚持偏重于碱性的饮食结构，保证营养均衡，多吃谷类、水果蔬菜，适量食用奶制品和豆制品，以及少量猪瘦肉和鸭肉。
骨髓炎可能导致多种并发症，例如骨骼生长异常导致肢体长度变化或关节畸形；感染蔓延至关节内部会损害软骨面，造成关节强直；长期存在的窦道口皮肤也可能因持续刺激而发生癌变。