著作
为了使外科医学能够让更多的人重视起来，让更多的行医者掌握方法技巧，他不顾晚年的身体虚弱，根据自己多年行医的丰富经验和明朝以前外科医学方面的部分成就，于明万历四十五年(公元1617年)撰写了一部重要的外科医学著作《外科正宗》，这是他学术思想的集中体现。全书共二十余万字，共分四卷。从病痛的根源、诊断到外科上常见的大部分疾病，从各家病因理学说到临床症状和特点，以及各种病症的治疗方法，手术的适应症、禁忌等，从各种病情的形状到药剂的组成，都作了详细的论述。其中对皮肤病、肿瘤都有较多的论述。对于肿瘤之症，陈实功认为肿瘤只有及早的发现，才能摸清病源，以便能够及早的治疗，或许尚有一线希望治愈。另外，对于现代医学中所遇到的淋巴转移，鼻咽癌等，亦有论述。这些研究和探索十分珍贵，对现代临床治疗都有一定的启示。全书综述了自唐朝以来历代外科中有效治疗经验，科学性强，论述精辟，能充分代表明代时期我国外科医学的巨大成就，具有较高的学习研究价值。其中对下颏骨脱臼的治疗整复手术，完全符合现代医学的要求，直到现在仍一直沿用。《外科正宗》印行后，广为流传，并流传到日本等国。成数300余年来有各种版本50余种，成为中医外科的经典著作。
学术内容
陈实功师从著名文学家、医学家李沦溟。
如他对“肠痈”(即今之阑尾炎)的三大病因的论述：男子暴急奔走，可引起消化道传送食饮糟粕不能舒利畅达，浊气、败血壅塞肠道不出而成；妇人多由产后体虚多卧，不起坐起运动，以致肠内容物长期停滞而引发；饥饱劳伤、担负搬运重物、醉饱生冷并进、肠胃道功能减低运化不通，均可引起肠内容物凝滞。陈实功不但正确描述了诱发肠痈的病因，还绘制了肠痈图，确定出肠痈的体表部位。