《妇人大全良方》由陈自明的儿子陈六德修订补充，后来又经过明代名医薛己和王肯堂的整理、补充，成为一部流传很广，对后世颇有影响的专著。
《妇人大全良方》共24卷，分8门，有272论。每一论引用《内经》和《诸病源候论》等书的原文，论后附临床的典型病例。书中有些内容是陈自明的临床经验和独到见解。例如，在“调经门”中，月经痛可应用家传秘方延胡索为主的方剂，因延胡索有明显的止痛作用。虽然在宋初的《日华子本草》里曾经将延胡索用于治疗心痛，但较多地用于治痛经则可能是从陈自明开始的。对于闭经的治疗，他主张用补脾胃的方剂以及滋补药，不能用通经药。在“求嗣门”中，他反对早婚，认为从生理上看，男子30岁、女子20岁是比较合适的结婚年龄。他通过细心观察和研究，指出痢疾有明显的季节性和传染性，否定了古人所说毒疫痢是由积滞引起的观点。在13世纪能提出这样符合科学原理的痢疾病因学观点，是难能可贵的。
此外，陈自明还写过《管见大全良方》，其部分内容保存在朝鲜的医学丛书《医方类聚》里。