生殖感染是医院重点科室，是“衢州市前列腺疾病研究所定点医院”、“美国绿激光PVP技术临床治疗基地”。衢州生殖感染医院（衢州男科医院）是由衢州市卫生局批准成立的一家非营利性综合性医院、“医保定点医院”，始建于80年代。医院开设微创妇产科、泌尿外科（男科）、肛肠科、中医胃肠科、肝病科、儿科、内科等十多个临床及医技科室。