淳于意活了七十多岁，大约于公元前140年离开了人世。他死后，被安葬在了南依群山，东临时水，风景优美的临淄夏庄村西南。
著作
《史记》记载了他的二十五例医案，称为“诊籍”，是中国现存最早的病史记录。司马迁在《史记》中，把他与扁鹊合并立传，即《扁鹊仓公列传》。
在淳于意被释之后，曾多次得到了文帝召见询问，详细陈述了自己的学医经过及为人治病的具体情况。而在这些答词中，他将自己遇到的典型病例进行整理，即为后世所称的“诊籍”。这是中国现存最早见于文献记载的医案记录，而且比西方诊籍的创立早数百年之久。在这些“诊籍”中，淳于意介绍了25个病例，记载了患者姓名、职业、里籍、疾病症状、脉象、诊断、治疗方式和预后推断等情况，从中反映了淳于意高超的医术。
淳于意在“诊籍”中不仅记录了自己的成功病例，也承认有诊断错误的时候，在应对汉文帝的询问时，淳于意坦率回答说：“我不是一个诊断完全正确的医生。”他在“诊籍”中还真实地报告了治疗效果：25例患者有10例医治无效而死亡，这种对病历记载的认真和忠实态度，对于后世医家重视医案记录有很大的影响。
学术内容
1.在诊法中重脉诊，同时认为“脉法不可胜验”。强调脉证合参。在25例病案中，其中20例是靠诊脉判定病情的。他应用寸口切脉法。惯常先望诊，后切脉，合参验证，如齐丞相舍人奴的病，“臣意见之食闺门外，望其色有病气。”仓公认为:“古圣人为之脉法，以起度量，立规矩，县权衡、案绳墨、调阴阳，别人之脉各名之，与天地相应，参合于人，故乃别百病以异之，有数者能异之，无数者同亡。然脉法不可胜验，诊疾人以度异之，乃可别同名，命病主在所居。”