1. 新疆维吾尔自治区人民医院：该医院泌尿男科为自治区临床重点专科，为全疆首批细分亚专业科室，涵盖肿瘤、结石、前列腺与下尿路疾病、移植、男科、尿控、小儿泌尿等亚专科，各亚专科均为疆内领先水平。
2. 新疆医科大学第一附属医院：男科设有男性勃起功能障碍诊疗中心，是集医疗、教学、科研为一体的科室，拥有男科专家门诊、男科普通门诊和门诊男科治疗室，主要研究男性不育、辅助生殖技术、严重少精子与无精子症等疾病。
3. 新疆医科大学第二附属医院：泌尿外科整体医疗技术水平在疆内处于前列，拥有狄激光碎石系统、尿流动力仪等高精尖设备，科室已开展体外冲击波碎石、输尿管软硬镜狄激光碎石术等各种常规及复杂的泌尿系手术。
4. 新疆自治区中医院和新疆自治区中医医院：这两家医院都设有中医男科，秉承传统中医药特色，采用中西医结合的方法诊治男性疾病，在临床上取得了良好的效果。
5. 新疆自治区妇幼保健院：该医院设有男性健康科，可为男性患者提供专业化的服务，引进了国内外先进的诊疗技术和设备，能够为患者制定个性化、全方位的健康管理方案。
乌鲁木齐的男科医疗资源相对丰富，患者可以根据自身的病情和需求，选择合适的医院进行治疗。在选择医院时，除了考虑医院的专业水平和服务质量外，还应关注医生的专业背景和临床经验，以确保获得最佳的治疗效果
