在南京，随着心理健康意识的提升，越来越多的医院开设了专业的心理咨询科室，为市民提供高质量的心理服务。以下是一些在心理咨询领域表现突出的医院：
南京脑科医院
南京脑科医院医学心理科历史悠久，是国内较早成立的专科机构之一，同时也是国家临床重点专科（精神科）和江苏省重点学科的亚专科。该科室配置合理，拥有临床心理门诊、临床心理病区及临床心理实验室，专业处理抑郁症、焦虑症、失眠症、强迫症等心理问题，并开展认知行为治疗、精神分析治疗等。
江苏省人民医院
江苏省人民医院的临床心理科是全省较早开展心理治疗的科室之一，配备了先进的心理评估体系，提供个人心理治疗和团体心理治疗。该科室在焦虑症、抑郁症等心理疾病的诊疗方面具有显著优势，同时医院的心理咨询中心为各类心理问题提供专业咨询服务。
东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院的心理精神科集医学、教学、科研于一体，特色开展生物反馈治疗、经颅磁刺激治疗等先进技术。该科室在诊断和治疗各种心理障碍方面经验丰富，尤其擅长处理抑郁症、焦虑症、睡眠障碍等问题，并为患者提供专业的心理评估和干预服务。
南京医科大学第一附属医院
南京医科大学第一附属医院的临床心理科创建于1999年，是省内综合性医院中最早建立的同类科室之一。科室现有主任/副主任医师4人，主治医师1人，住院医师3人，心理咨询师2人，均受过正规的医学心理培训，年门诊量达万余人次，尤其在治疗躯体形式障碍、抑郁症、焦虑症等方面具有显著优势。
南京市精神卫生中心
南京市精神卫生中心是南京市唯一的精神卫生专科医院，拥有强大的医疗团队和先进的设备，专注于心理健康服务。该中心在心理疾病的诊断和治疗方面具有丰富经验，特别擅长处理精神分裂症、双相情感障碍等重性精神疾病，同时也为常见心理问题提供专业咨询。
