除引起高热惊厥外，HHV-6原发感染还可引起其他严重的中枢神经系统疾病如脑膜炎或脑炎。从脑炎患者脑脊液中可检测到HHV-6 DNA及抗体。HHV-6感染引起中枢神经系统症状的发病机制可能是在急性HHV-6感染后，HHV-6以潜伏形式持续存在于脑脊液及外周血淋巴细胞中，部分病人只存在于脑脊液中，HHV-6再激活后可引起高热惊厥或脑炎。有研究对13例健康成人脑组织进行检查，在其中11例的前额外皮层、基底神经节标本中检测到HHV-6 DNA，从而证实有潜伏感染。
(3)非嗜异性传染性单核细胞增多症(nonheterophile-negative infectious mononucleosis)：传染性单核细胞增多症(IM)是由EB病毒(EBV)原发感染引起的自限性淋巴细胞增生性疾病。HHV-6感染也可引起IM，病人年龄与典型EBV IM相似。
①临床表现包括：
A.发热，病程较EBV性IM长，部分患者可超过30天。
B.有咽峡炎，扁桃体充血、肿大、覆盖假膜。
C.肝脾肿大。
D.腹膜后淋巴结肿大。
E.视力模糊。
②实验室检查与EBV性IM不同的是：
A.嗜异性凝集试验为阴性。
B.血象，外周血中非典型淋巴细胞明显增高，CD38细胞数量增多。
C.病因学检查，在急性期可检测到HHV-6 IgM抗体，IgG抗体在恢复期增高≥4倍。
由于HHV-6可被HSV、CMV、EBV激活，或与这些病毒形成双重感染，因此，在排除其他病毒感染存在后才能确定HHV-6感染病因是IM。
(4)Kikuchi-Fujimoto(KF)病：本病是首先由日本人发现的一种坏死性淋巴结炎性疾病。目前在美国、欧洲及亚洲一些地区均有报道。临床发病女性多于男性(2∶1～4∶1)，好发年龄为10～60岁，尤以10～40岁多见。临床表现以快速进展的颈部淋巴结疼痛或无痛性肿大为其典型症状，伴咽痛、畏寒、肌痛等症状。除颈部淋巴结肿大外，锁骨上、腋下、臂淋巴结也可受累，肝脾肿大少见。淋巴结肿大可持续数月，偶尔可发生纤维化。病理改变以副皮质区的扩大及淋巴滤泡活化为其特点，副皮质区也可消失，扩大及消失的改变可在同一淋巴结内见到。局灶性坏死也是其特点，但并不是其固有特点。浸润细胞为多形核细胞，但以巨噬细胞为主，巨噬细胞围绕在单个或灶性坏死淋巴细胞周围。