半夜小腹疼痛可能是生理性的因素导致的，比如在睡前吃冰冷刺激性的食物，比如冰淇淋，也可能是睡觉的环境比较寒冷，并且没有做好保暖措施，平时要少吃冰凉的食物，并且注意保暖。也可能是病理性的因素引起的半夜小腹疼痛的症状，比如细菌感染引起的肠炎，可以在医生的指导下使用庆大霉素普鲁卡因胶囊，如果患者伴有腹泻的症状，可以使用一些蒙脱石散进行止泻。
一、生理性因素：
1、环境：如果在半夜睡觉的时候没有做好保暖措施，环境过于寒冷，有可能会导致小腹部受到刺激，引发疼痛，日常需要注意做好保暖措施；
2、饮食：如果临睡前大量吃生冷刺激性食物，如冰激凌、冰可乐等，易使肠胃受到刺激，在半夜可能会突然出现疼痛，平时在饮食上要多加注意，多吃温热的食物，少吃寒凉食物。
二、病理性因素：
1、肠炎：肠炎通常是由于细菌感染所引起，肠道受到炎症刺激，可引起半夜小腹疼痛，也会伴有腹泻等不适症状，可遵医嘱服用庆大霉素普鲁卡因胶囊等药物治疗，伴有严重腹泻时可遵医嘱使用蒙脱石散等止泻药物治疗；
2、阑尾炎：阑尾炎的发病与感染、暴饮暴食等因素有一定关系，一般起病急，可在半夜出现小腹疼痛，疼痛主要在右下腹，以手术切除为主，常见手术方法有腹腔镜阑尾切除术、开腹阑尾切除术等；
3、其他疾病：如果患有妇科疾病，如盆腔炎、附件炎等，半夜发病也有可能会出现小腹疼痛，可以针对病因进行治疗，比如盆腔炎患者可以遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星、氧氟沙星等药物治疗，附件炎患者可以遵医嘱应用甲硝唑、头孢曲松钠等药物进行治疗。
每天凌晨小腹疼痛怎么办?
使用药物：凌晨2一3点下腹隐痛的患者可以按照医嘱使用一些消炎止痛类药物进行治疗，比如布洛芬缓释胶囊、阿司匹林肠溶片、盐酸米诺环素胶囊等。
日常护理：凌晨2一3点下腹隐痛的患者用手顺时针按摩腹部，以促进肠道的蠕动，进而缓解不适。